У печерах монастиря, які ще називаються "Богом будівель", Поховано понад 14 тисяч осіб - це монахи, навколишні мешканці, воїни, які захищали монастир. До сих пір не отримало наукове обгрунтування явище, яке спостерігається в цих підземних печерах: в них постійно прохолодно і завжди дуже свіже повітря. Мало того, при приміщенні померлих в ці печери, відразу зникає запах розкладання тіла.
Світська наука намагалася пояснити це явище особливими властивостями пісковика, який поглинає запахи, ченці ж все до одного вірять у святість даного місця - в ньому поховано багато молитовників і людей, вшановували як святу.
Самі екскурсії по печерах залишають незабутнє враження на будь-якого, хто насмілюється увійти в них. Висвітлюють шлях тільки запалені свічки, кришталевий чистий, пронизливий повітря, довгі лабіринти, а навколо - дзвінка тиша. Мимоволі хочеться не випустити з уваги ченця, який веде за різними тунелями. А якщо він ще й розповідає загробним голосом про гріхи і кінець світу, то стає трохи не по собі.
Примітним фактом історії монастиря є те, що він жодного разу не закривався, і в ньому завжди проходили богослужіння протягом всього періоду існування, тобто більше п`яти сотень століть. Цей факт дивний, адже за цей час були і війни, і жорстокі гоніння радянської влади. Рятував тільки героїзм і самовідданість людей, які присвятили себе служінню.
За часів масових гонінь на церкви і монастирі за радянських часів робилися численні спроби закрити в тому числі і Псково-Печерський монастир. В черговий раз приїхала комісія з постановою про закриття. Як розповідають очевидці, представники влади передали настоятелю постанову. Той серйозно ознайомився з документом і ... кинув його в палаючий камін. Обеззброєна делегація, та ще й без паперів, поспішно ретирувалася.
Є дивовижна книга про Псково-Печерський монастир і його мешканців під назвою «Несвяті святі» архімандрита Тихона (Шевкунова). Він з великою повагою і любов`ю згадує численні історії та оповідання, відтворюючи ту дивовижну і таємничу атмосферу, яка завжди оточувала відбувається в ньому. Описуючи дії одного з настоятелів монастиря Аліпія за радянських часів, він розповідає такий випадок. Представники радянської влади в черговий раз прийшли з постановою про закриття монастиря. І настоятелю довелося вдатися до вкрай небезпечної міру. Він заявив, що в монастирі збереглося багато зброї з часів війни і багато хто з братії - фронтовики, які будуть боротися до останнього.
Далі Аліпій сказав, що взяти монастир можна буде тільки за допомогою авіації, а чим неодмінно буде розказано по «Голосу Америки». Таке несподіване заяву повалило комісію в шок, і змусило задуматися, а раптом це правда? Така загроза спрацювала. Монастир на деякий час залишили в спокої.
Ситуацій, коли монастир міг бути закритий або розорений, було безліч. Щоразу він оживав незбагненним чином завдяки несподіваних поворотів долі (наприклад, під час Великої вітчизняної війни ця територія належала Естонії) або зусиллями живуть в ньому людей.
У нинішній час Псково - Печорський монастир також є місцем масового паломництва і культурною цінністю.
